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| Curso Electivo Teórico-Práctico | Análisis Cuantitativo de Colocalización en Microscopía Confocal | 23.07-04.08.2008 @ 09.30 – 13.00 & 15.00 – 18.30 | | Sala de Seminario, Laboratorio de Miguel Concha / Steffen Härtel | | Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo, ICBM, Facultad de Medicina | | Independencia 1027, Universidad de Chile, Santiago, Chile | |Organiser|
Steffen Härtel, Dr. rer. nat., Universidad de Chile- Programa - La temática central de este curso intensivo de microscopía confocal y procesamiento de imágenes se dirige a la comprensión y aplicación de diferentes conceptos matemáticos que han sido desarrollados para el análisis cuantitativo de colocalización de estructuras biológicas. Las clases, presentaciones y seminarios se dirigen a estudiantes de las disciplinas biológicas y ingeniería eléctrica con especialización en ciencia de computación / informática. El curso consiste de diferentes segmentos para abordar la temática en todas sus facetas conceptuales, teóricas y practicas. M1| Clases teóricas: Las clases teóricas abarcan fenómenos de fluorescencia, límite de resolución y localización de la microscopia confocal (convencional y spinning disk), representación y percepción de colores en imágenes digitales y los fundamentos matemáticos para el análisis cuantitativo de colocalización de estructuras biológicas. M2| Clases prácticas: En las clases prácticas se aplican los programas Huygens Professional y Huygens Scripting (Scientific Volume Imaging, www.svi.nl) para la deconvolución de imágenes microscópicos digitales en forma directa y a través de Internet. Además se practica el manejo el programa SCIAN (www.scian.cl), desarrollado sobre la base de IDL (www.ittvis.com), para el análisis de colocalización de estructuras biológicas. M3| Presentaciones: discusión y evaluación de resultados: Alumnos que aplican las técnicas aprendidas en el curso a material de su propio estudio científico presentan los resultados de sus análisis respectivos. M4| Seminarios bibliográficos: Alumnos presentan artículos científicos selectos que acompañan la temática del curso. Objectivos: O1| Comprensión & aplicación de diferentes técnicas de análisis de colocalización de fluorescencia relacionada a la microscopía óptica: representación y percepción de colores en imágenes digitales, Pearsson Correlation Coefficient, Manders Colocalization Coefficients, Overlap Coefficients, Auto & Cross Correlation Techniques. O2| Comprensión & aplicación de fenómenos de fluorescencia y las bases teóricas del límite de resolución y localización en la microscopia confocal de fluorescencia (convencional, spinning-disk). O3| Comprensión & aplicación de algoritmos de deconvolución (SVI, www.svi.nl). O4| Aplicación de SCIAN desarrollado en Interactive Data Language (IDL, www.ittvis.com). O5| Aplicación de algoritmos implementados en análisis de colocalización en estructuras biológicos multi-dimensionales. Programa completo:
 - Lectures - Lecture Steffen Härtel 1:
 Lecture Steffen Härtel 2:
Lecture Steffen Härtel 3:
Lecture Leo Muñoz:
- Student Seminars -
Measurement of colocalization of objects in dual-color confocal images Manders E. (1993) Journal of Microscopy 169: 375-382 Download PDF  |
Quantitative Colocalization Analysis of Multicolor Confocal Immunofluorescence Microscopy Images: Pushing Pixels to Explore Biological Phenomena Zinchuk et al (2007) Acta Histochem. Cytochem. 40 (4): 101–111, 2007 Download PDF |
STED-Microscopy: Concepts for nanoscale resolution in fluorescence microscopy Hell S., Dyba, M., Jakobs S (2004) Current Opinion in Neurobiology 4:599-609 Download PDF |
Automatic and Quantitative Measurement of Protein-Protein Colocalization in Live Cells Costes et al. 2004 Biophys. J. 86, 3993–4003 Download PDF |
A syntaxin 1, Galphao, and N-type calcium channel complex at a presynaptic nerve terminal: analysis by quantitative immunocolocalization Li, Q., Lau, A., Morris, T.J., Guo, L., Fordyce, C.B. & Stanley, E.F. (2004) J. Neurosci. 24, 4070–4081 Download PDF |
Co-localization analysis of complex formation among membrane proteins by computerized fluorescence microscopy: application to immunofluorescence co-patching studies Lachmanovich, E., Shvartsman, D.E., Malka, Y., Botvin, C., Henis, Y.I. & Weiss, A.M. (2003) Journal of Microscopy. 212, 122–131 Download PDF |
Partial colocalization of glucocorticoid and mineralocorticoid receptors in discrete compartments in nuclei of rat hippocampus neurons Van Steensel, B., van Binnendijk, E., Hornsby, C., van der Voort, H., Krozowski, Z., de Kloet, E. & van Driel, R. (1996) J. Cell Sci. 109, 787–792 Download PDF |
Multicolour analysis and local image correlation in confocal microscopy Demandolx, D. & Davoust, J. (1997) Journal of Microscopy 185, 21–36 Download PDF |
A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy Bolte S. & Cordelieres P. (2006) Journal of Microscopy, 224 (3): 213–232 Download PDF |
Subdiffraction multicolor imaging of the nuclear periphery with 3D structured illumination microscopy Schermelleh et al (2008) Science, 320(5881):1332-6. Download PDF |
Three-dimensional resolution doubling in wide-field fluorescence microscopy by structured illumination Gustafsson et al (2008) Biophys J, 94(12):4957-70 Download PDF |
Nonlinear structured-illumination microscopy: Wide-field fluorescence imaging with theoretically unlimited resolution Gustafsson (2005) PNAS: 13081–13086 Download PDF |
Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution Betzig et al (2006) Science, 313(5793), 1642-5. Download PDF | - Manuals & More -
'Intracellular Fluorescent Probe Concentrations by Confocal Microscopy' Finck et al. 1998 Download PDF |
Seeing is believing ?
Download PDF |
The Good, the Bad and the Ugly !
Download PDF |
SVI: Huygens Professional User Guide
Download PDF |
IDL/ScianTimeCalc: 1er Manual de Reconstrución 3D
Download PDF |
ZEISS Principles of Confocal Microscopy
Download PDF | |
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