El contenido de esta página requiere una versión más reciente de Adobe Flash Player.

Obtener Adobe Flash Player

 Home  Members  Research  Publications  Education  Agenda  Courses  Online Processing
 
Registered Users
user  
pass  
Next Event
MSc Informatica Medica
U-Chile
U-Chile / International


Análisis Cuantitativo de Colocalización
en Microscopía Confocal
| Curso Electivo Teórico-Práctico |

| 23/07-03/08/2009 @ 09.30 13.00 & 15.00 18.30 |
| Sala de Seminario, Laboratory for Scientific Image Processing SCIAN-Lab |
| Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo, ICBM, Facultad de Medicina |
| Independencia 1027, Universidad de Chile, Santiago, Chile |



Organiser

Steffen Härtel, Dr. rer. nat., Universidad de Chile

Profesores Participantes

Steffen Härtel, Dr. rer. nat., Universidad de Chile
Andrés Couve, PhD, Universidad de Chile
Alejandra Garcia, Tecnólogo Medico, Universidad de Chile
Omar Ramirez, cand. PhD, Universidad de Chile

- Programa -

La temática central de este curso intensivo de microscopía confocal y procesamiento de imágenes se dirige a la comprensión y aplicación de diferentes conceptos matemáticos que han sido desarrollados para el análisis cuantitativo de colocalización de estructuras biológicas. Las clases, presentaciones y seminarios se dirigen a estudiantes de las disciplinas biológicas y ingeniería eléctrica con especialización en ciencia de computación / informática. El curso consiste de diferentes segmentos para abordar la temática en todas sus facetas conceptuales, teóricas y practicas.

M1| Clases teóricas: Las clases teóricas abarcan fenómenos de fluorescencia, límite de resolución y localización de la microscopia confocal (convencional y spinning disk), representación y percepción de colores en imágenes digitales y los fundamentos matemáticos para el análisis cuantitativo de colocalización de estructuras biológicas.
M2| Clases prácticas: En las clases prácticas se aplican los programas Huygens Professional y Huygens Scripting (Scientific Volume Imaging, www.svi.nl) para la deconvolución de imágenes microscópicos digitales en forma directa y a través de Internet. Además se practica el manejo el programa SCIAN (www.scian.cl), desarrollado sobre la base de IDL (www.ittvis.com), para el análisis de colocalización de estructuras biológicas.
M3| Presentaciones: discusión y evaluación de resultados: Alumnos que aplican las técnicas aprendidas en el curso a material de su propio estudio científico presentan los resultados de sus análisis respectivos.
M4| Seminarios bibliográficos: Alumnos presentan artículos científicos selectos que acompañan la temática del curso.

Objectivos:
O1| Comprensión & aplicación de diferentes técnicas de análisis de colocalización de fluorescencia relacionada a la microscopía óptica: representación y percepción de colores en imágenes digitales, Pearsson Correlation Coefficient, Manders Colocalization Coefficients, Overlap Coefficients, Auto & Cross Correlation Techniques.
O2| Comprensión & aplicación de fenómenos de fluorescencia y las bases teóricas del límite de resolución y localización en la microscopia confocal de fluorescencia (convencional, spinning-disk).
O3| Comprensión & aplicación de algoritmos de deconvolución (SVI, www.svi.nl).
O4| Aplicación de SCIAN desarrollado en Interactive Data Language (IDL, www.ittvis.com).
O5| Aplicación de algoritmos implementados en análisis de colocalización en estructuras biológicos multi-dimensionales.


Programa completo:  


- Lectures -


Lecture Steffen Härtel 1:  


Lecture Steffen Härtel 2:  


Lecture Steffen Härtel 3:  


Lecture Steffen Härtel 4:  


- Literatura -


Measurement of colocalization of objects in dual-color confocal images
Manders E. (1993) Journal of Microscopy 169: 375-382

Download PDF   |


Quantitative Colocalization Analysis of Multicolor Confocal Immunofluorescence Microscopy Images: Pushing Pixels to Explore Biological Phenomena
Zinchuk et al (2007) Acta Histochem. Cytochem. 40 (4): 101111, 2007

Download PDF   |


A guide to accurate fluorescence microscopy colocalization measurements.
Comeau J.W., S. Costantino, and P.W. Wiseman (2006) Biophys J. 91:4611-22.

Download PDF   |


Accurate measurements of protein interactions in cells via improved spatial image cross-correlation spectroscopy.
Comeau J.W., D.L. Kolin, P.W. Wiseman. (2008) Mol Biosyst. 4: 672-85.

Download PDF   |


Microscopy and its focal switch.
Hell S. (2009) Nature Methods. 6(1):24-32.

Download PDF   |


STED-Microscopy: Concepts for nanoscale resolution in fluorescence microscopy
Hell S., Dyba, M., Jakobs S (2004) Current Opinion in Neurobiology 4:599-609

Download PDF   |


A syntaxin 1, Galphao, and N-type calcium channel complex at a presynaptic nerve terminal: analysis by quantitative immunocolocalization
Li, Q., Lau, A., Morris, T.J., Guo, L., Fordyce, C.B. & Stanley, E.F. (2004) J. Neurosci. 24, 40704081

Download PDF   |


Automatic and Quantitative Measurement of Protein-Protein Colocalization in Live Cells
Costes et al. 2004 Biophys. J. 86, 39934003

Download PDF   |


Co-localization analysis of complex formation among membrane proteins by computerized fluorescence microscopy: application to immunofluorescence co-patching studies
Lachmanovich, E., Shvartsman, D.E., Malka, Y., Botvin, C., Henis, Y.I. & Weiss, A.M. (2003) Journal of Microscopy. 212, 122131

Download PDF   |


Partial colocalization of glucocorticoid and mineralocorticoid receptors in discrete compartments in nuclei of rat hippocampus neurons
Van Steensel, B., van Binnendijk, E., Hornsby, C., van der Voort, H., Krozowski, Z., de Kloet, E. & van Driel, R. (1996) J. Cell Sci. 109, 787792

Download PDF   |


Multicolour analysis and local image correlation in confocal microscopy
Demandolx, D. & Davoust, J. (1997) Journal of Microscopy 185, 2136

Download PDF   |


A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy
Bolte S. & Cordelieres P. (2006) Journal of Microscopy, 224 (3): 213232

Download PDF   |


Subdiffraction multicolor imaging of the nuclear periphery with 3D structured illumination microscopy
Schermelleh et al (2008) Science, 320(5881):1332-6.

Download PDF   |


Three-dimensional resolution doubling in wide-field fluorescence microscopy by structured illumination
Gustafsson et al (2008) Biophys J, 94(12):4957-70

Download PDF   |


Nonlinear structured-illumination microscopy: Wide-field fluorescence imaging with theoretically unlimited resolution
Gustafsson (2005) PNAS: 1308113086

Download PDF   |


Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution
Betzig et al (2006) Science, 313(5793), 1642-5.

Download PDF   |


- Manuals & More -


'Intracellular Fluorescent Probe Concentrations by Confocal Microscopy'
Finck et al. 1998

Download PDF   |


Seeing is believing ?

Download PDF   |


The Good, the Bad and the Ugly !

Download PDF   |


SVI: Huygens Professional User Guide

Download PDF   |


IDL/ScianTimeCalc: 1er Manual de Reconstrución 3D

Download PDF   |


ZEISS Principles of Confocal Microscopy

Download PDF   |





Universidad de Chile Conicyt Xperts Explora Centro de Estudios Científicos