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MSc Informatica Medica
U-Chile
U-Chile / International


Procesamiento de Imágenes y Bioseñales I & II

| Santiago de Chile 18 de Agosto 2012 - 12 de Diciembre 2012, Facultad de Medicina, U-Chile |



Organización

Steffen Härtel, SCIAN-Lab, BNI, ICBM, F-Med, Universidad de Chile

Localización

Facultad de Medicina, Independencia 1027, Universidad de Chile, Santiago, Chile

Clases teóricas, prácticas y Seminarios:
Miércoles y Sábado| (ver programas): SCIAN-Lab

Examenes:
17.10.2012| SCIAN-Lab

Profesores Participantes

ICBM | Facultad de Medicina, U-Chile
Dr. Steffen Härtel, SCIAN-Lab, Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo (PABD)
Dr. Enzo Brunetti, Laboratorio Neuro-sistemas
Dr. Omar Ramírez, SCIAN-Lab, PABD
Dr. Víctor Castañeda, SCIAN-Lab, PABD
Dr. Mauricio Cerda, SCIAN-Lab, PABD
Dr. JarnoRalli, SCIAN-Lab, Universidad de Granada
Dr.(c) Jorge Jara, SCIAN-Lab, PABD
Ing. Luis Briones, SCIAN-Lab, PABD
Ing. Felipe Santibáñez, SCIAN-Lab
MSc. Susana Vargas, Centro de Espermiogramas Asistidos por Internet CEDAI-Spa, SCIAN-Lab

CMM | Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas (FCFM), U-Chile
Dr. Takeshi Asahi, Laboratorio de Modelamiento en Imágenes Científicas y Visualización(MOTIV) y Centro de Modelamiento Matemático (CMM)

Programa

El curso esta dividido en dos partes. Programa I y Programa II

Los tópicos centrales son:

(i) adquisición de imágenes biológicas y biomédicas,
(ii) métodos y técnicas de análisis y procesamiento de imágenes,
(iii) análisis de estructuras biológicas y biomedicas en imágenes digitales, y
(iv) microscopía de alta velocidad y super resolución.

Créditos:
Créditos para el curso se otorgan por la Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Las materias podrán ser reconocidas para futuros estudios de postgrado, Diplomado y Magíster en Health Informatics.

Clases Bioseñales I

Sa 18.08 Clase 1: 3h 20min Steffen Härtel: Introduction, Microscopy, Fluorescence, Deconvolution.  
Sa 18.08 Clase 2: 3h 20min Victor Casañeda: Detectores, X-Ray, NMR, MR, PET, SPECT, Ultrasound ... 
Sa 25.08 Clase 3: 3h 20min Omar Ramirez / Steffen Härtel Praktico Microscopy (prepaso práctico 1-3).
Sa 25.08 Clase 4: 3h 20min Omar Ramirez / Steffen Härtel Praktico Microscopy, Flurescence, Deconvolution.
Mi 05.09 Clase 5: 3h 20min Takeshi Asahi: Introduction Fourier, Procesamiento Digital, Procesamiento Imágenes.    
Mi 12.09 Clase 6: 3h 20min Enzo Brunetti: Teoría de señales: SEÑALES ELECTROFISIOLÓGICAS. 
Mi 12.09 Clase 7: 3h 20min Jorge Jara: Métodos y técnicas de segmentación de imágenes I.  
Sa 29.09 Clase 8: 3h 20min Jarno Ralli: Level Sets. 
Sa 29.09 Clase 9: 3h 20min Jorge Jara / Luis Briones / Steffen Härtel Praktico Microscopy (prepaso práctico 4).
Mi 03.10 Clase 10: 3h 20min Mauricio Cerda: Análisis de estructuras biomédicas en imágenes digitales I.  

Clases Bioseñales II

Mi 24.10 Clase 1: 3h 20min Jarno Ralli: Diffusion and Image Correspondences  
Mi 07.11 Clase 2: 3h 20min Susana Vargas: Esperiogramas Digitales  
Mi 14.11 Clase 3: 3h 20min Felipe Santibañez, Omar Ramirez: Resolución, Localisación y Colocalisación  
Mi 28.11 Clase 4: 3h 20min Omar Ramirez, Victor Castañeda, Steffen Härtel: Super-Resolution Microscopy      

Mi 05.12 Clase 5: 3h 20min Mallas Geométricas, Mauricio Cerda  

Mayor Información

Contáctenos por email.

Preguntas Frecuentes

¿Cuanto cuesta el Curso?
  • Si eres alumno regular de la Universidad de Chile, el curso es Gratuito.
  • Si no eres alumno regular de la Universidad de Chile, el valor del curso es de 11,41 UF.
¿Donde me inscribo si "NO" soy alumno regular de post-grado de la Universidad de Chile?
  • Si no eres alumno regular de post-grado de la Universidad de Chile, debes comunicarte con la oficina de post-grado de la facultad de Medicina de la Universidad de Chile, ademas debes descargar y enviar el formulario de solicitud de cupo para alumno libre desde AQUI .
  • Monica Astudillo, telefono (56-2) 9786440, correo: mastudillo@med.uchile.cl
  • Maria Isabel Peñaloza, telefono (56-2) 9786713, correo: mpenaloza@med.uchile.cl
  • Dirección Avenida Independencia 1027, Santiago, Chile.

¿Donde me inscribo si "SOY" alumno regular de post-grado de la Universidad de Chile?
  • Para el caso de los alumnos de postgrado de otras facultades, cada secretaria de postgrado debe enviar la solicitud/inscripcion de los alumnos que esten interesados en tomar el curso a la secretaria de postgrado de la facultad de medicina y deben incluir los siguientes datos (nombre, apellidos, programa/carrera, email, telefono)


Grupos de Alumnos:

Grupo 1
Valentina Lagos (vlagosherrera@gmail.com)
German Fernandez (gfernandez@uchile.cl)
Daniel Karmelic (DanielKarmelic@gmail.com)
Prepaso 4 (sa 29.09.2012)    
Seminario 1 (mi 10.10.2012)

Grupo 2
Jorge Toledo (jorgetoledoh@gmail.com)
Daniel Droguett (ddroguett.o@gmail.com)
David Villaroel (davidbiovilla@gmail.com)
Prepaso 2 (sa 25.08.2012)  
Seminario 5 ok (mi 10.10.2012)

Grupo 3
Vivina Torres (vatorresm@gmail.com)
Luis Baeza (luis.baeza@puc.cl)
Alejandra Lozano (juliaalejandra@gmail.com)
Prepaso 1 (sa 25.08.2012)  
Seminario 4 (mi 10.10.2012)

Grupo 4
Juan José Ortega (juanjortega@gmail.com)
Carloz Nuñez (nunezcarlos@live.cl)
Vera Solange (rivas.sole@gmail.com)
Prepaso 3 (sa 25.08.2012)  
Seminario 3 (mi 10.10.2012)

Grupo 5
Veronica Bahamondes (bacoveronica@gmail.com)
Sebastian Fernandez (sebferfrez@gmail.com)
Alex Cordova (cordova.alex@gmail.com)
Prepaso 5 (sa 06.10.2012)  
Seminario 2 (mi 10.10.2012)

Prepasos Prácticos

1. Bases de la Fluorescencia:
  Principles of Fluorescence Spectroscopy (1st chapter)
  Fluorescent proteins: a cell biologist's user guide. Erik Lee (2009), Trends in Cell Biology, Vol. 19(11) 649655
  Seeing is believing? Alison J. North, The Journal of Cell Biology, Vol. 172, No. 1, January 2, 2006 918

2. Bases de la Microscopía Confocal:
  ZEISS Principles of Confocal Microscopy
  Live Cell Spinning Disk Microscopy. Graf et al. (2005) Adv Biochem Engin/Biotechnol 95:57-75
  LEICE TCS LSI Brochure
  The Good, the Bad and the Ugly ! Helen Pearson, NATURE, 447, May 2007

3. Bases de la Deconvolución:
  Huygens Professional User Guide from SVI:
  Intracellular Fluorescent Probe Concentrations by Confocal Microscopy, Finck et al. 1998

4. Histogramas (capítulo 3) y filtros basados en convolución (low-pass, detección de bordes, capítulos 2 y 4):
  Feature Extraction and Image Processing, Nixon & Aguado (Elsevier) 2002.

5. Momentos de morfología y descriptores de forma asociados:
  Shape Analysis and Measument for HeLa cell classification of cultured cells in high throughput screening. Enamul Huqye Anm, Master thesis. (Leer sección 4: Methods)
  A Survey of Moment-Based techniques For unoccluded Object Representation and Recognition. Prokop et al. Graphical Model and Image Processing (1992), Vol 54 (5). (Leer secciones 1 y 2)


Literatura para Seminarios

1. In vivo Microscopy:
  Cell tracking using a photoconvertible fluorescent protein. Hatta (2006) Nature Protocols
  Reconstruction of Zebrafish Early Embryonic Development by Scanned Light Sheet Microscopy. Keller (2008) Science 322:14
  Escape Behavior Elicited by Single, Channelrhodopsin-2-Evoked Spikes in Zebrafish Somatosensory Neurons. Douglass (2008) Current Biology 18: 11:33

2. Localización y Colocalización:
  Measurement of colocalization of objects in dual-color confocal images, Manders E. (1993) Journal of Microscopy 169: 375-382
  A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy. Bolte S. et al (2006) Journal of Microscopy, 224 (3): 213232
  A guide to accurate fluorescence microscopy colocalization measurements. Comeau J.W., et al (2006) Biophys J. 91:4611-22
  Accurate measurements of protein interactions in cells via improved spatial image cross-correlation spectroscopy. Comeau J.W.et al (2008) Mol Biosyst. 4: 672-85
  Multi-Image Colocalization and Its Statistical Significance. Fletcher P et al (2010) Biophys J. 99:1996-2005
  Supporting Material: Multi-Image Colocalization and Its Statistical Significance. Fletcher P et al (2010) Biophys J. 99:1996-2005
  Confined Displacement Algorithm Determines True and Random Colocalization in Fluorescence Microscopy. Ramirez O et al (2010) Journal of Microscopy, Sep 1;239(3):173-83
  New Algorithm to Determine True Colocalization in Combination with Image Restoration and Time-Lapse Confocal Microscopy to Map Kinases in Mitochondria. Villalta et al (2011) PLOSone;6(4):e19031

3. Segmentación y aplicaciones:
  A Methodology for Evaluation of Boundary Detection Algorithms on Medical Images. Chalana et al (1997) IEEE Transactions on Medical Imaging 16(5):642-652
  Towards Objective Evaluation of Image segmentation Algorithms. Unnikrishnan et al (2007) IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 29(6):929-944
  A framework for comparing different image segmentation methods and its use in studying equivalences between level set and fuzzy connectedness frameworks. Ciesielski et al (2011) Computer Vision and Image Understanding 115:721-734
  Cell segmentation From 3-D Confocal Images of Early Zebrafish Embryogenensis. Zanella et al (2010) IEEE Transactions on Image Processing 19(3):770-781
  3-D Quantification of the Aortic Arch Morphology in 3-D CTA Data for Endovascular Aortic Repair. Worz et al (2010) IEEE Transactions on Biomedical Engineering 57(10):2359-2368

4. Flujo Óptico y aplicaciones:
  Performance of optical flow techniques for motion analysis of fluorescent point signals in confocal microscopy. Del Piano et al (2011) Machine Vision and Applications.
  Measurement of Instantaneous Velocity Vectors of Organelle Transport: Mitochondrial Transport and Bioenergetics in Hippocampal Neurons. Akos et al (2008) Biophysical Journal 95:3079-3099

5. Cuantificación topológica y aplicaciones:
  Morphological analysis and modeling of neuronal dendrites. Van Pelt et al (2004) Mathematical Biosciences 188: 147155
  Robust 3D reconstruction and identification of dendritic spines from optical microscopy imaging. Janoos (2009) Medical Image Analysis 13: 167 -179

Material Adicional


  PDE Based Image Diffusion and AOS. Ralli (2012).


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