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MSc Informatica Medica
U-Chile
U-Chile / International


Curso PEDECIBA-Biología

| Microscopía Confocal y Análisis de Imágenes Aplicadas a la Microbiología |
- 22-29.06.2016 IIBCE, Montevideo, Uruguay -



Organización

Paola Scavone, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable

Ubicación

Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE).
Avenida Italia 3318. CP 11600. Montevideo - Uruguay.


Docentes

. Pablo Zunino - (IIBCE, Uruguay)
. Paola Scavone - (IIBCE, Uruguay)
. Steffen Härtel - (UChile, Chile)
. Jorge Jara - (UChile, Chile)
. Mauricio Cerda - (UChile, Chile)

Poster

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Seminarios

Presentación de 2 artículos por grupo:

  Seeing is believing? Alison J. North, The Journal of Cell Biology, Vol. 172, No. 1, January 2, 2006 918

  The Good, the Bad and the Ugly ! Helen Pearson, Nature, 447, May 2007

  Computational Methods for Analysis of Dynamic Events In Cell Migration. Castañeda V, Cerda M, Santibañez F, Jara J, Pulgar E, Palma K, Lemus CG, Concha M, Härtel S. Current Molecular Medicine, 14(2), 291-307.

 Objective comparison of particle tracking methods, Nicolas Chenouard et al. Nature Methods 11, 281289, 2014. doi:10.1038/nmeth.2808

 Development of 3D Architecture of Uropathogenic Proteus mirabilis Batch Culture Biofilms - A Quantitative Confocal Microscopy Approach.

 Fimbriae have distinguishable roles in Proteus mirabilis biofilm formation.Scavone P, Iribarnegaray V, Caetano AL, Schlapp G, Härtel S, Zunino P. Pathog Dis. 2016 Jul;74(5). pii: ftw033. doi: 10.1093/femspd/ftw033. Epub 2016 Apr 17

  STED-Microscopy: Concepts for nanoscale resolution in fluorescence microscopy. Hell S. et al (2004) Current Opinion in Neurobiology 4:599-609

  PALM-Microscopy: Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution. Betzig et al (2006) Science, 313(5793), 1642-5

Lecturas recomendadas

  2014 Scientific Background on the Nobel Prize in Chemistry

  Microscopio Confocal IIBCE

  ZEISS Principles of Confocal Microscopy

  Principles of Fluorescence Spectroscopy

  Huygens Professional User Guide from SVI:

  Intracellular Fluorescent Probe Concentrations by Confocal Microscopy, Finck et al. 1998

  IDL/ScianTimeCalc: 1er Manual de Reconstrución 3D

Clases

Clases 1A: S Härtel:  
"Fluorescencia, Microscopía, PSF"

Clases 2:   P Zunino:
"Relevancia bioógica de los biofilms microbianos"

Clases 1B: S Härtel:  
"Super-resolución, Teoría del muestreo, Deconvolución"

Clases 3: P Scavone   "Preparación de muestras, tinción, sampleo"
  "Protocolos"

Clases 4:   M Cerda:
"Modelo de imagen digital y filtros básicos"

Clases 5:   M Cerda:
"Filtros y segmentación"

Clases 6:   P Scavone:
"Procesamiento de imágenes para biofilms"

Clases 7:   J Jara:
"Descriptores Geométricos"

Clases 8:   P Scavone:
"Dinámica de Biofils"

Clases 9:   J Jara:
"Colocalización"

Clases 10:   J Jara:
"Dinámica"

Trabajos prácticos

  Practico 1

Practico 2

Practico 3

Grupos

Grupo A

1. María José González
2. Yamila Martínez
3. Esteban Ibarguren
4. Gabriela Heijo
5. Patricia Bovio
6. Nicolás Papa

Grupo B

1. Ana Laura Caetano
2. Mauricio Méndez
3. Lucía Moreira
4. Laura Sandes
5. Fabían Aldunate
6. Andrea Somma

Grupo C

1. Valentina Carrasco
2. Nacho Alcántara
3. Pamela Gutiérrez
4. Silvia Acosta
5. Evelyn Falero
6. Florencia Ottonelli




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