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Welcome to SCIAN-Lab
... the Laboratory for Scientific Image Analysis.
... imaging from the southern cone.
The Laboratory of Scientific Image Analysis (SCIAN-Lab) develops mathematical tools and computational algorithms to access dynamic, morphologic, and topologic features in experimental systems with a biophysical, biological, or medical background. High speed confocal microscopy in combination with image processing routines unravels the interplay between structure and function in lipid model systems and phenomena on sub-cellular, cellular, and supra-cellular levels in the field of developmental biology, neurobiology, or membrane biophysics.
|News|
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Seminario: SCIAN-Lab
Martes 10/01/2012, 11h. Expone Luis Véliz. Laboratorio de Fisiología Sensorial (Brauchi Lab), Facultad de Medicina, Universidad Austral de Chile. Single-Particle Tracking in TIRF images, applied to near-membrane dynamics.
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Seminario: SCIAN-Lab
Martes 20/12/2011, 11h. Exponen Dra. Andrea Paula-Lima y Dra. Tatiana Adasme. Lab. Transducción de Señales Mediadas por Calcio, CEMC – FONDAP BNI, Facultad de Medicina Universidad de Chile. Cambios estructurales en las espinas dendríticas en neuronas hipocampales tratadas con BDNF y Oligómeros del péptido beta amiloide.
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Seminario: SCIAN-Lab
Lunes 19/12/2011, 11h. Expone Dr. Susana Sanchez. Microscopy and Dynamic Imaging Unit, Fundación CNIC- Carlos III, Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares, Madrid, Spain. Membrane heterogeneity studied by Laurdan GP and Fluorescence Correlation Spectroscopy.
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Seminario: SCIAN-Lab
Martes 6/12/2011, 15h. Expone German Fernandez. Programa de Doctorado en Biología Celular, Molecular y Neurociencia Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Reconstrucción de espinas dendríticas a partir de imágenes confocales.
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Seminario: SCIAN-Lab
Martes 29/11/2011, 11h. Expone Felipe Santibañez. SCIAN Lab – BNI Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo ICBM, Facultad de Medicina Universidad de Chile. Super-resolution optical fluctuation imaging (SOFI).
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Seminario: SCIAN-Lab
Martes 22/11/2011, 11h. Expone Dr. Mauricio Cerda. SCIAN Lab – BNI, Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo ICBM, Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Distributed neural computation for the visual perception of motion.
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Curso de Postgrado Bioinformatica: SCIAN-Lab
El primer curso transdisciplinario de Métodos Matemáticos y Bioinformáticos para el Análisis de Datos Biológicos - MMBADB- se concentra en:
(i) importancia de métodos matemáticos/bioinformáticos en la medicina del presente y futuro,
(ii) métodos de análisis de secuencias en sistemas biológicos,
(iii) interpretación de datos de sistemas biológicos y biomédicos, y
(iv) manejo de herramientas bioinformáticas en el campo de la biología de sistemas e investigación biomédica en el ejemplo de la esquizofrenia.
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Seminario: SCIAN-Lab
Martes 15/11/2011, 11h. Expone Dr. Claudio Lobos. Departamento de Informática Universidad Técnica Federico Santa María. From medical images to quality surface meshes.
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Octubre 10 - 11 2011 Segundo Workshop Teórico Práctico de Expertos Latinoamericanos para la Estandarización del análisis seminal (PLEAS). Ciudad de Panamá y Octubre 12 - 14 2011 XXII Reunión Bienal de la Asociación Latinoamericana de Investigadores en Reproducción Humana.
Tópicos: Fisiología reproductiva masculina. Espermatogénesisy espermiogénesis. Tránsito epididimario. Transporte a lo largo del tracto femenino. Capacitación espermática y fecundación. Práctica de laboratorio: Evaluación morfológica de preparados, criterios estrictos de evaluación (Tygerberg). Clasificación del espermatozoide normal y anormal. Cálculos y expresión de resultados. Valores de límite inferior (OMS 2010)
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Abril 29 - Julio 02 2011 Diplomado en Informatica Medica
Sistemas de Información en Salud:
Requisitos para un Diseño e Implementación Exitoso

Information and communication systems are crucial for efficient and sustainable health care systems in a modern society. Growing amounts of medical data such as images and reports are available for better diagnosis and therapy and may foster clinical research. However, considerable technical efforts are needed to integrate information of different types and from various sources. Complex information systems thus allow for the collection and distribution of relevant medical information to health care professionals and providers, but careful planning and management are indispensable for the successful deployment and acceptance throughout the medical staff. The course will focus on both technical and social requirements which are pivotal for successful implementation and operation of health information systems tailored to the needs of the particular health care institution. It will be structured into the following 3 modules:
Module M1: Management of Information Systems (IS) in Health Care
Module M2: User Centered Development and Adaption of Application Interfaces
Module M3: Project Management in HealthCare IT
Inscripción hasta 28.04.2011:
johanna hoehl
heidelberg-center@heidelbergcenter.cl
tel: + 56 (2) 234 34 66
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January 17th - 18th 2011
International Symposium: Advanced Microscopy and Image Processing in Neurobiology
The Nucleus of Neural Morphogenesis NEMO invites all interested researchers and students to participate in the international symposium "Advanced Microscopy and Image Processing in Neurobiology". The topics presented from experts in advanced microscopy, image processing, and neurobiology cover: (i) imaging tools in developmental biology, (ii) imaging tools in cellular biology, (iii) high resolution microscopy, (iv) and image processing in fluorescence microscopy.
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January 03rd - January 18th 2011
Curso de Postgrado: Métodos Matemáticos para Imágenes Microscópicas en Biomedicina - MMIMB
El primer curso transdisciplinario de postgrado de Métodos Matemáticos para Imágenes Microscópicas en Biomedicina MMIMB se concentra en:
(i) adquisición de imágenes biológicas y biomédicas,
(ii) análisis de estructuras biológicas en imágenes digitales,
(iii) interpretación de la información en imágenes biológicas y biomédicas,
(iv) manejo de conceptos de microscopía óptica ,más allá del límite de difracción and high throughput microscopy.
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November 22nd - December 3rd 2010
SSHI: First Summer School in Health Informatics
Healthcare Information Systems and Telemedicine | From Basics to Cutting Edge Technology: Information and Communication Technologies (ICT) for the improvement of health care management.
Sistemas de Información en Salud y Telemedicina | Desde el conocimiento básico a la tecnología de punta: Tecnologías de Información y Comunicación (TIC) para el Mejoramiento de la Gestión y Productividad de Sistemas de Salud.
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October 2010: Start of FONDECYT 3110157
SCIAN-Lab hosts a FONDECYT Postdoc proyect focused to improve our understanding of the ER functional-structural interplay. In the following three years, we will dissect the morpho-topological reorganization of the ER in detail by confocal spinning disk microscopy in combination with advanced image processing methodology.
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September2010
Start-up Ceremony of the Nucleus of Neural Morphogenesis (NEMO) at the Faculty of Medicine
SCIAN-Lab forms part of the Nucleus of Neural Morphogenesis (NEMO), a collaborative research initiative unique in Chile and South America that combines expertise in molecular neuroscience, development, morphogenesis, neuropathology, and quantitative in vivo imaging to address the genetic basis of form, structure, and functional organisation in the central nervous system.
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June 2010
Release of the Online-Version and ImageJ-Plugin of the Confined Displacement Algorithm (CDA)

Online Version: calculate true and random colocalization on our web page.
-> go and try it out ..
Plugin: calculate true and random colocalization with ImageJ.
-> download the ImageJ Plugin here ...   
Image Processing and Analysis in Java.
-> download ImageJ here ...
The CDA has been published recenlty:
Ramirez O, García A, Rojas R, Couve A & S Härtel (2010) Confined Displacement Algorithm Determines True and Random Colocalization in Fluorescence Microscopy. Journal of Microscopy, Sep 1;239(3):173-83
CDA has been applied in previous versions in:
Ramirez O, Vidal R, Tello J, Vargas K, Kindler S, Härtel S & A Couve (2009) Dendritic Assembly of Heteromeric Gabab Receptor Subunits in Hippocampal Neurons. JBC 8;284(19):13077-85.
Espinosa A, Garcia A, Härtel S, Hidalgo C & E Jaimovich (2009) NADPH Oxidase and Hydrogen Peroxide Mediate Insulin-induced Calcium Increase in Skeletal Muscle Cells. JBC. 284, pp:2568-2575.
Parra V, Eisner V, Chiong M, Criollo A, Moraga F, Garcia A, Härtel S, Jaimovich E, Zorzano A, Hidalgo C & S Lavandero (2008) NADPH Changes in mitochondrial dynamics during ceramide-induced cardiomyocyte early apoptosis. Cardiovasc Res. 77(2), pp:387-97.
Sánchez G, Escobar M, Pedrozo Z, Macho P, Domenech R, Härtel S, Hidalgo C, Donoso P (2008) Exercise and tachycardia increase NADPH oxidase and ryanodine receptor-2 activity: possible role in cardioprotection. Cardiovasc Res. 77(2), pp:380-6.
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Mayo 2010
Primer Workshop de Expertos Latinoamericanos para la Estandarización del Análisis Seminal
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Curso y Taller Internacional: Microscopía de Fluorescencia
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SCMI: Startup Conference Medical Informatics
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SCMI: Startup Conference Medical Informatics: Biología-Informática-Medicina
Sesión de Póster y Exposición de Proyectos de Investigación y Desarrollo
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Curso Electivo Teórico-Práctico | 23/07-03/08/2009 - Santiago - Chile |
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Lipids are fun ...
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XI Curso Avanzado de Microscopia Celular Integral
| 03-15/11/2008 - Santiago - Chile |
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Curso Electivo Teórico-Práctico | 23/07-04/08/2008 - Santiago - Chile |
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Ganador Concurso Tesis Digitales 2007
Con la tesis Contornos Activos en Tres Dimensiones para la Segmentación de Estructuras Biológicas, el Ingeniero Civil en Informática, Jorge Jara, ganó el Concurso Tesis Digitales 2007 ortogado por Universia Chile y Fundación País Digital.
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Premio Nikon-Ivens | Mejor Imagen en Biología Celular 2007 |
Luisa Pereiro et al: Migración Celular Durante el Desarrollo Embrionario de un Pez Anual
Sociedad de Biología Celular de Chile, XXI Reunión Anual 7-10 Octubre 2007, Pucón, Chile
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Finalista Concurso Tesis Digitales 2007
Con la tesis Contornos Activos en Tres Dimensiones para la Segmentación de Estructuras Biológicas, el Ingeniero Civil en Informática, Jorge Jara, fue selecionado entre los seis finalistas del Concurso Tesis Digitales 2007 ortogado por Universia Chile y Fundación País Digital.
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X Curso Avanzado de Microscopia Celular Integral
| 05-17/11/2007 - Santiago - Chile |
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Curso Electivo Teórico-Práctico | 10-17/08/2007 - Santiago - Chile |
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International Course | 16-28/04/2007 - Santiago - Chile |
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Medalla al Mérito Científico y Tecnológico | 30/11/2006 - Valdivia - Chile |
otogado por la Facultad de Ciencias de la Ingeniería, Universidad Austral de Chile, al Ingeniero Civil en Informática, Jorge Jara, por la 'Aplicación del Tema de Tesis a Trabajos y Publicaciones del Ambito Científico'. ___________________________________________________________
Premio Nikon-Ivens | Mejor Imagen en Biología Celular 2006 |
Steffen Härtel et al: Morfogénesis Asimétrica del Organo Parapineal de Pez Cebra
Sociedad de Biología Celular de Chile, XX Reunión Anual 8-12 Octubre 2006, Pucón, Chile
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|Contact|
Dr. Steffen Härtel
Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo
ICBM, Facultad de Medicina
Casilla 70079, Correo 7
Universidad de Chile
Independencia 1027
Santiago, Chile
Tel: +56 (2) 978-6266 (Secretary)
Tel: +56 (2) 978-6366 (Office)
http: www.scian.cl | www.aibi.cl | www.nemolab.cl
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